Haydar Alirıza oğlu Aliyev 10 Mayıs 1923 yılında Azerbaycan Cumhuriyeti Nahçıvan şehrinde doğdu.
1939 yılında Nahçıvan Pedagoji Yüksekokulundan mezun olduktan sonra Azerbaycan Sanayi Enstitüsü (şimdiki Azerbaycan Devlet Petrol ve Sanayi Üniversitesi) mimarlık bölümünü kazandı, fakat 2.Dünya Savaşının başlanmasıyla eğitimini yarım bırakmak zorunda kalmış.
Haydar Aliyev 1941-1944’ü yıllarda önce Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti Halk İç İşler Komiserliğinde arşiv şubesinin gizli belgeler müdürü, daha sonraysa Nahçıvan MSSR Halk Komiserleri Sovyetinde genel şube müdürü görevlerinde çalıştı.
1944 yılının mayıs ayında devlet güvenlik kurumunda görevlendirildi.
1949-1950’li yıllarda SSCB Devlet Güvenlik Kurumu Leningad’daki (şimdiki San Petersburg) Rehber Kişilerin Hazırlık Okulunda eğitim aldıktan sonra, 1950 yılında Azerbaycan SSR Devlet Güvenliği Komitesine bölme müdürü atandı.
1957 yılında Azerbaycan Devlet Üniversitesi (şimdiki Bakü Devlet Üniversitesi) tarih bölümünü uzaktan bitirdi.
1958 yılında Azerbaycan SSR Devlet Güvenlik Komitesinin karşı istihbarat şube müdürü, 1964 yılında DTK başkan yardımcısı atandı.
