Heydər Əlirza oğlu Əliyev 1923-cü il mayın 10-da Azərbaycan Respublikasının Naxçıvan şəhərində anadan olub.
1939-cu ildə Naxçıvan Pedaqoji Texnikumunu bitirdikdən sonra Azərbaycan Sənaye İnstitutunun (indiki Azərbaycan Dövlət Neft və Sənaye Universiteti) memarlıq fakültəsinə daxil olub, lakin İkinci Dünya müharibəsinin başlanması ona təhsilini başa çatdırmağa imkan verməyib.
Heydər Əliyev 1941-1944-cü illərdə əvvəlcə Naxçıvan Muxtar Respublikası Xalq Daxili İşlər Komissarlığında arxiv şöbəsinin məxfi hissəsinin müdiri, sonra isə Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində ümumi şöbənin müdiri vəzifələrində işləyib.
1944-cü ilin may ayında dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında işə göndərilib.
1949-1950-ci illərdə SSRİ Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsinin Leninqraddakı (indiki Sankt-Peterburq) Rəhbər Kadrların Hazırlığı Məktəbində təhsil aldıqdan sonra, 1950-ci ildə Azərbaycan SSR Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsində bölmə rəisi təyin edilib.
1957-ci ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki Bakı Dövlət Universiteti) tarix fakültəsinin qiyabi şöbəsini bitirib.
1958-ci ildə Azərbaycan SSR Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsinin əks-kəşfiyyat şöbəsinin rəisi, 1964-cü ildə DTK-nın sədr müavini təyin edilib.
